รูปตราสัญลักษณ์ของมูลนิธิการแพทย์พื้นบ้าน เป็นรูปวงกลม 2 ชั้น ประกอบด้วย
วงกลมชั้นใน เป็นสัญลักษณ์สะท้อนหลักแนวคิดสำคัญของการแพทย์พื้นบ้านเกี่ยวกับธาตุและความสมดุล ซึ่งสามารถมองได้ 2 มิติ คือ รูปกังหันลมกำลังพัดหรือรูปคนกำลังก้าวเดินไปข้างหน้าบนสัญลักษณ์หยินหยาง หมายถึง การพัฒนาการแพทย์พื้นบ้านเพื่อตอบสนองต่อสุขภาพของมวลมนุษยชาติบนฐานแนวคิดเกี่ยวกับความสมดุลของสุขภาพกาย (ธาตุทั้ง 5) และสุขภาพจิตกับสิ่งแวดล้อมภายนอก ทำให้สามารถดำรงชีวิตอยู่อย่างกลมกลืนกับธรรมชาติ โดยสามารถตีความองค์ประกอบของสัญลักษณ์ได้ดังนี้
หยินหยาง หมายถึง ความสมดุลกลมกลืนของธรรมชาติ
คนกำลังก้าวเดินไปข้างหน้าหรือกังหันลมกำลังพัด หมายถึง สุขภาพ การมีชีวิต พลวัตร
วงกลมชั้นนอก มีข้อความ 3 ภาษา ทั้งภาษาไทย ภาษาจีน และภาษาอังกฤษ บ่งบอกถึงความเป็นสากล โดยข้อความภาษาไทยว่า “มูลนิธิการแพทย์พื้นบ้าน” ข้อความภาษาอังกฤษว่า “TRADITIONAL MEDICINE FOUNDATION” และข้อความภาษาจีนว่า (ฉวงถ่ง ยีเย่า แปลว่า การแพทย์พื้นบ้าน) อยู่บนแถบสีเขียว หมายถึง ความร่มเย็น ความเป็นธรรมชาติ พืชสมุนไพร และมีรูปดาว 2 ข้างของกึ่งกลางวงกลม หมายถึง เฉลวหรือตะแหลว ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของการป้องกันหรือขจัดปัดเป่าสิ่งชั่วร้ายตามความเชื่อดั้งเดิม